Ai9小鼠是一种经过基因修饰的小鼠品系，常用于荧光示踪。Ai9小鼠携带一个被loxP位点夹住的STOP盒子，这个STOP盒子阻止了tdTomato红色荧光蛋白的转录。当Ai9小鼠与表达Cre重组酶的小鼠品系杂交时，在Cre重组酶表达的细胞中，STOP盒子被删除，从而使这些细胞中表达tdTomato并发出红色荧光。

这种系统使研究人员能够在各种生物学研究中（如发育、疾病进展和细胞相互作用）可视化和跟踪感兴趣的细胞。